Um das Jahr 1200 war Pfreimd noch Filiale der Pfarrei Perschen.

Im Jahre 1216 erhielt Pfreimd auf Betreiben der Gräfin Helwig von Rotteneck seine Selbständigkeit als Pfarrei. Ein Kirchenbau dürfte also damals bereits vorhanden gewesen sein.

Beim großen Stadtbrand 1481 ging die Kirche vollständig zugrunde. Unter Landgraf Friedrich V. von Leuchtenberg entstand nun ein gotischer Neubau, dessen Fertigstellung sich bis 1515 hinzog.
1513 wurde der Amberger Stadtbaumeister Wolf Keul mit der Ausführung des noch heute bestehenden Chores beauftragt.
 
Der Glockenturm musste 1576-79 neu errichtet werden.
 
Die Wirren des Dreißigjährigen Krieges überstand das Bauwerk ohne bauliche Schäden, jedoch wurden dem Gotteshaus durch die Truppen des Grafen Ernst von Mansfeld und die des Grafen Baner die Glocken und Kleinodien geraubt.
 
Ein starkes Gewitter am 15.8.1653 fügte dem Kirchturm so schweren Schaden zu, dass mit dessen Einsturz gerechnet werden musste.
 
1655 wurde der beschädigte Turm durch den Pfreimder Maurermeister Zacharias Amode bis auf das eingebaute Chorgewölbe abgetragen. 10 Jahre später zeigten sich die ersten Baufälligkeiten am turmlosen Kirchenbau.
 
Gegen einen Verfall des Gotteshauses konnte auf Grund der Mittellosigkeit der Pfarrei, verursacht durch vorhergegangene Kriegseinflüsse, nicht eingeschritten werden. Erhebliche Schäden zeigten sich am Mauerwerk sowie an den Dachungen. Der ohnehin morsche Dachstuhl wurde obendrein noch durch die Lagerung von Kirchengetreide arg belastet.
 
Meldungen um 1670, die an die herzogliche Hofkanzlei in München gerichtet waren und die Baufälligkeiten der Pfarrkirche aufzeigten, bewirkten einen regen Schriftwechsel, der sich über 10 Jahre hinzog, ehe mit dem Neubau endgültig begonnen werden konnte.
 
Im März 1673 erschien in Pfreimd der Neunkirchener Maurermeister Wolf Hierschstätter (auch Hierstätter genannt), nahm Augenschein von den Schäden und fertigte einen Kostenanschlag samt Plan für das vorgesehene Gotteshaus. Im gleichen Jahr bittet der Pfreimder Baumeister Zacharias Amode den Herzog um Übertragung der Bauarbeiten, was aber der Herzog ablehnte. Nach dem tödlichen Arbeitsunfall Hierschstätters beauftragte man den welschen Baumeister Peter Spineta aus Prag mit den weiteren Planungen.
 
Den endgültigen Bau übernahm letztlich der Wessobrunner Maurer- und Gipsmeister Johann Schmuzer (1642-1701). Seit 1678 war Johann Schmuzer in Türkheim (bei Mindelheim in Schwaben) beschäftigt. Der Wessobrunner Baumeister hatte im Auftrag des Herzogs Maximilian Philipp an der Türkheimer Pfarrkirche gearbeitet. Allem Anschein nach fanden diese Arbeiten den Beifall des Herzogs, der ja auch nach dem Aussterben der Landgrafen von Leuchtenberg im Jahre 1646 seit 1650 mit der Regierung der Landgrafschaft von Leuchtenberg betraut war. Aus diesem Grund bot man wahrscheinlich im April 1681 Schmuzer den Neubau der Pfreimder Pfarrkirche an.
 
Am 17. September 1681 fand die Grundsteinlegung durch den Herzog, vertreten durch den leuchtenbergischen Landrichter Johann Georg Dietz von Weidenberg auf Wildenau statt.
 
In den Jahren 1686-88 wurde der neuerbaute Turm wieder abgetragen, offenbar weil die alten Grundmauern sich als zu schwach erwiesen. Auf einen Rost von Eichenpfählen setzte ihn J. Schmuzer gegen Entlohnung von 1000 fl. nochmals auf. Die Gesamtkosten betrugen 2096 Gulden.

1752 war eine Neueindeckung nach schwerem Sturmschaden notwendig.

1756 wurde auf Anordnung des Dekans von Luhe der bisher hinter dem Hochalter stehende Tabernakel nach vorne gerückt.

1775 wurde unter Pfarrer Kugler die Kanzel tiefergesetzt.

1791 ließ Pfarrer Kugler einen neuen Rokoko-Tabernakel für den Hochaltar und an den Altären Antipendien aus Holz anbringen.

Im Jahr 1880 wurde der Vierzehn-Nothelfer-Altar durch den in Pfreimd gebürtigen Bildhauer Anton Horchler restauriert.

1883 restaurierte Horchler den Fünfmartyrer-Altar. Von ihm wurde auch die Kanzel überarbeitet und in der jetzigen Form hergestellt.

In der Kirche befand sich seit Alters her die Grablege der Landgrafen von Leuchtenberg. Der Sitte der Zeit entsprechend fanden auch mehrere adelige Personen und Pfarrer im Kircheninnern ihre letzte Ruhestätte. Zeugen hierfür sind die teilweise sehr wertvollen Grabplatten und Epitaphien.

Würdigung:

Die Kirche in Pfreimd gehört zum Typ der Wandpfeilerkirchen; sie dürfte die erste dieser Art in der Oberpfalz gewesen sein. Im Gesamtaufbau besitzt sie große Ähnlichkeit mit den Langbauten der Jesuiten, vor allem mit der Jesuitenkirche St. Ignatius (1631-1641) in Landshut. Die Stuckaturen in Pfreimd entstanden noch im Übergangsstadium der älteren, strengeren Dekorationsweise des 17. Jahrhunderts zum späteren eigentlichen Barockstil.
 
Die Pfreimder Stadtpfarrkirche zählt zu den wenigen Kirchen, in der sich Schmuzers Innenausstattung vollständig und unverändert erhalten hat. Sie gilt als erstes bedeutendes Werk Johann Schmuzers, sein Hauptwerk ist die Planung und teilweise Ausführung der bedeutenden Klosteranlage in Wessobrunn.